연세대학교 음악대학의 모태가 된 교회음악과는 한국 교회음악계의 중추적인 역할을 감당하는 교회음악 지도자들을 꾸준히 양성함은 물론, 대외적으로 한국교회 예배음악의 질적인 발전에 공헌하고 있다. 오르간, 합창지휘 전공으로 나뉘어 수준 높은 교수진을 통한 철저한 실기지도와 함께 교회음악 실제에 관련된 이론·문헌·역사, 예배와 음악, 찬송가학 등 다양한 과목들을 광범위하게 교육하고 있다. 많은 졸업생들이 대학교수, 강사, 교회의 오르가니스트, 지휘자, 독창자로 활약하며 한국 교회음악계에서 중추적인 역할을 하고 있으며, 특히 오르간 전공의 여러 동문들은 세계의 유수한 콩쿠르에 입상하여 연세대학교 음악대학의 위상을 높이고 있다.

과거에는 박태준, 곽상수, 손윤열, 최시원, 조명자, 박종윤, 곽동순, 홍세원, 김혜옥 교수에 의해 많은 교회음악계의 중진들이 배출되었으며, 현재는 신동일, 김보미, 조성연 교수가 후학 양성에 힘쓰고 있다.

세부전공으로 합창지휘 전공, 오르간 전공으로 교육하고 있다.