연세대학교 음악대학의 모태가 된 교회음악과는 1955년 신과 대학 내 종교음악과가 개설되면서 시작되었다. 그 이후 1964년 종교음악과가 음악대학으로 확대 개편되면서 교회음악과가 되었다. 1969년에 당시 문교부에서 유사학과 명칭 통합 정책으로 종교음악과로 강제 개칭되었으나 당시 문교부에서 곽상수 교수의 의견을 받아들여 1982년 10월에 교회음악과로 원복을 허가받았고 1983년부터 교회음악과로 개칭된 이후 오늘에 이르고 있다.

교회음악과는 한국 교회음악계의 중추적인 역할을 담당하는 교회음악 지도자들을 꾸준히 양성함은 물론, 대외적으로 한국교회 예배음악의 질적인 발전에 공헌하고 있다. 오르간, 하프시코드, 합창지휘 전공을 개설하여 수준 높은 교수진을 통한 철저한 실기지도와 함께 교회음악과 바로크음악 실제에 관련된 이론·문헌·역사, 예배와 음악, 찬송가학 등 다양한 과목들을 광범위하게 교육하고 있으며 동시에 오르간, 하프시코드, 합창지휘 분야의 전문 연주자로의 진로 교육에도 집중하고 있다. 많은 졸업생들이 대학교수, 강사, 교회음악 지도자, 콘서트 오르가니스트, 시립합창지휘자 등으로 활약하며 한국 교회음악계와 음악계의 중추적인 역할을 하고 있으며, 특히 오르간 전공의 여러 동문들은 세계의 유수한 콩쿠르에 입상하여 연세대학교 음악대학의 위상을 높이고 있다.

과거에는 박태준, 곽상수, 손윤열, 최시원, 조명자, 박종윤, 곽동순, 홍세원, 김혜옥 교수가 재임하였으며 현재는 신동일, 김보미, 조성연 교수가 후학 양성에 힘쓰고 있다.

세부전공으로 오르간 전공, 하프시코드 전공, 합창지휘 전공으로 교육하고 있다.